管风琴的演奏方法类似于其他键盘乐器，音域极宽广，一般都使用数层的键盘，脚下还有脚踏键盘，由许多根音栓来控制具体音高。
早期演奏管风琴通常需要两人搭档，一人演奏，一人鼓风。这种方式延续了2000多年。后来管风琴的规模越来越大，依靠人力鼓风已经是力不从心了，就开始用机械设备来鼓风，因而又发展出了更复杂的键盘机械结构——因为巨大的风压，用单纯的人力已经不可能压下键盘了。常见的管风琴有机械式管风琴、机电式管风琴和电动压气式管风琴。
管风琴演奏时，坐姿要求重心需稳固，同时身体需要灵活。手指与双脚轻轻放置在键盘上，利用双手自身重量进行弹奏。脚进行演奏时，膝盖与脚掌稍向内倾斜，用脚内侧弹奏，尽量平稳，腿部不要动作过大，脚腕需要放松。
管风琴每层键盘会有不同的功能与声音特点，例如主键盘声音洪亮，强弱音键盘可以用踏板控制音量变化等。在管风琴上每一层键盘可选的音栓是有范围的选择。管风琴的琴键对声音的变化更多来自选用的音栓不同，有时会有声音发声的快慢不同，但是，管风琴音乐音量的主要变化还是来自音栓的不同选择。
指法方面由于管风琴作品声部复杂，黑键经常使用到大拇指，音阶弹奏常运用的拇指转动也运用在小指上，有时，为了声音的连贯，会将手指由黑键滑至白键，或拇指在两个琴键之间的滑奏，还有中间声部需要两只手分担完成，都是为了让多声部音乐更为流畅清晰。
调音师调试时，需要走进管风琴内部，用专用的调音工具——一根细长的金属棒，敲击每根音管上面的簧片调律针，反复核对每一个音管的音准。在演出台上还需要另一个人按响键盘，每按下一个音，音管就会产生震动并发出巨大的声响。管风琴的声音很大，每个管子发出的声音频次和音量都不同，调音师要去适应不同的音色，不同的音强，从量的积累达到质的飞跃。
管风琴音色的数量并不是固定的，而是根据音栓的数量来的，每个音栓只有开和闭两种状态，不同的组合会形成不同的音色。管风琴的音域也极宽广，一般都使用数层的键盘进行演奏，脚下还有脚踏的键盘，常见的管风琴有机械式管风琴、机电式管风琴和电动压气式管风琴。